Zu den wichtigen Aufgaben des Agrar- und Umweltministeriums gehören die Sicherung und der Schutz der natürlichen Lebensgrundlagen, die Stärkung des ländlichen Raumes und dabei vor allem der Steigerung der wirtschaftlichen Attraktivität des ländlichen Raumes.

Das Ministerium für Landwirtschaft und Umwelt ist die oberste Agrar- und Umweltbehörde.

Das Ministerium für Landwirtschaft und Umwelt ist gegliedert in: 

Stabsbereich:

• Ministerbüro
• Presse- und Öffentlichkeitsarbeit, Internet
• Kabinetts-, Landtags-, Bundes- und Europaangelegenheiten, Ministerkonferenzen
• Hauptamtliche Gleichstellungsbeauftragte und Frauenpolitik

Abteilung 1 "Zentralabteilung, Kerntechnik":

• Organisation, Verwaltungsmodernisierung,Informations- und Kommunikationstechniktechnik
• Personal
• Haushalt
• Justitiariat, Beteiligungsverwaltung, LHO-Betriebsprüfung
• Aus- und Fortbildung, Zentrale Dienste
• Nukleare Entsorgung, Atomrechtliche Verfahren, Strahlenschutz

Abteilung 2 "Wasserwirtschaft, Bodenschutz, Altlasten, UIS, Zahlstelle für EGFL und ELER":

• Geschäftsstelle der Flussgebietsgemeinschaft Elbe
• Rechtsangelegenheiten, Haushalts- und Förderangelegenheiten, Landesbetriebe und Anstalten, Beihilfeangelegenheiten
• Hochwasserschutz, Gewässer- und Anlagenunterhaltung
• Abwasserbeseitigung, Anlagenbezogener Gewässerschutz, Wasserversorgung/GS LAWA
• Gewässer- und Bodenschutz, Altlasten, Wasserrahmenrichtlinie
• EU-Zahlstellenreferat für die Agrarfonds EGFL und ELER
• Flächenmaßnahmen der ländlichen Entwicklung
• Beihilfemaßnahmen im InVeKoS
• Koordination von automatisierten EU-Antragsverfahren, Umweltinformationsmanagement, Koordinierungsstelle Metadaten

Abteilung 3 "Klimaschutz, Erneuerbare Energien, Kreislaufwirtschaft, Technischer Umweltschutz":

• Rechtsangelegenheiten
• Klimaschutz, Erneuerbare Enregien und Verkehr
• Anlagenbezogener Immissionschutz
• Lärmbekämfung und Luftreinhaltung
• Chemikaliensicherheit und allgemeiner Gesundheitsschutz
• Kreislauf- und Abfallwirtschaft
• Klimafolgen und Klimawandel
• Umweltallianz, Forschung und Umweltprogramme

Abteilung 4 "Forst und Naturschutz, Internationale Zusammenarbeit":

• Forst- und Jagdpolitik, Fischerei, forst- und jagdliche Rechtsangelegenheiten
• Wald- und Holzwirtschaft, Landesforstbetrieb
• Rechtsangelegenheiten des Naturschutzes, Internationale Zusammenarbeit,
• Natura 2000, Flächen- und Artenschutz, Eingriffsregelung, Landschaftsplanung
• Allgemeiner Naturschutz, Großschutzgebiete, Naturschutzförderprogramme

Abteilung 5 "Ländlicher Raum und Agrarpolitik":

• Agrarpolitik, Fördermaßnahmen zur Entwicklung des ländlichen Raumes
• Politik des ländlichen Raumes, ländliches Flächenmanagement, Domänen und Liegenschaften
• Flurneuordnung und ländlicher Wegebau
• Nachhaltige Entwicklung, Agenda 21
• Verwaltungsbehörde ELER, EFF, Koordinierungsstelle MLU-Maßnahmen EFRE und ESF

Abteilung 6 "Landwirtschaft, Gentechnik, Berufliche Bildung, Veterinärwesen":

• Rechtsangelegenheiten und Ernährungswirtschaft
• Pflanzliche Erzeugung, Ökologischer Landbau, Genressourcen, Bio- und Gentechnik
• Pflanzliche Märkte, Garten- und Weinbau
• Tierische Erzeugung und Märkte, Technik und Bauwesen
• Veterinärwesen, Tierseuchen, Tierschutz, Futtermittel
• Agrarökonomie, Steuern, Berufliche Bildung